1992-ci il aprelin 7-də Azərbaycan Respublikası Hərbi-Dəniz Qüvvələri Qərargahı, mühafizə və təminat rotası yaradıldı. Xəzər Hərbi-dəniz donanmasının 25%-i və Ali Hərbi Dənizçilik məktəbi Azərbaycan Respublikasının ixtiyarına verildi.
1992-ci il iyunun 26-da "Bakılı" keşikçi gəmisində Azərbaycan Respublikasının dövlət bayrağı qaldırıldı. 1996-cı ildə Ali Hərbi Dənizçilik Məktəbi əsasında Dəniz Akademiyası təşkil olundu. Azərbaycan Prezidenti H. Əliyevin fərmanına əsasən hər il avqustun 5-i Azərbaycan Respublikası Hərbi Donanma Günü kimi qeyd olunur.